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细菌完成图

基因组完整组装

细菌基因组完成图技术介绍

细菌基因组完成图基于Illumina二代测序以及PacBio/Oxford Nanopore三代测序平台,实现基因组的完整组装,获得全面丰富的基因组信息,从而可在致病性、耐药性、环境适应性、代谢途径等多角度进行功能基因的深入挖掘,对微生物不同表型等特性进行深层次研究。

产品 测序策略 指标 周期
 

细菌基因组完成图

Illumina 50X + ONT 100X  

0 gap

 

31个自然日

Pacbio HIFI 30X

实验设计到信息分析的解决方案

提供方案设计到售后服务整的细菌基因组研究策略,全面丰富的标准分析以及个性化多角度解决微生物生物学意义。

  • 方案确定

  • 提取检测

  • 建库测序

  • 信息分析

  • 售后服务

技术策略与送样要求

  • 二代测序深度: ≥50x、
  • 三代测序深度: ≥100x、承诺指标细菌完成图 0gap
  • DNA送样: DNA浓度 ≥20ng/μl(Qubit),DNA质量≥3ug(Qubit)DNA电泳条带单一,无明显降解。
  • 菌体送样: 收集生长对数期菌体,收集离心菌体数3×10的9次方个,与无菌离心管中,液氮速冻干冰运输。

取样方法 保存及运输
细菌菌体

  1. 显微镜下观察细菌生长状态,收集处于对数期的细菌。
  2. 转移适量体积的培养液(含有约3~4.5×109 细胞)到1.5ml或2ml尖底离心管中(注意冰上操作)。
  3. 14000 ×g 离心1 min收集菌体,小心弃掉培养基(要去除干净)。
  4. 迅速将离心管盖紧管盖,投入液氮中速冻(半小时以上),转移到-80℃冰箱保存
 

 

-80℃冰箱保存,干冰运输

数据质控

细菌完成图三代测序数据下机后,对原始的下机数据(Raw reads)经过数据过滤,可得到高质量测序数据(subreads)用于后期拼接组装分析。

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基因组圈图

利用已预测得到的基因组信息,如重复序列、GC含量等,应用软件Circos绘制基因组圈图。Circos可视化基因组,可以更清晰的探索基因组组件或位置之间的关系。

GO注释分析

利用预测得到的基因序列与GO功能数据库做blast比对,可以对细菌基因和蛋白质进行限定和描述。通过GO分析,可以把基因按照其参与生物学过程、构成细胞的成分和实现的分子功能等进行分类。

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进化树分析

使用基因家族分析中的单拷贝基因家族中的单拷贝基因(物种之间一一对应的直系同源基因)构建超级基因序列,利用phyML软件构建物种系统进化树,从而展现物种间的进化亲缘关系。

特有基因代谢通路分析

通过共有和特有基因分析,某个物种特有的基因常与该物种特有的环境或者进化过程相关,分析物种特有的基因也可能可以解释物种特有的生命特征。在通用数据库注释部分已经对测序菌株的所有基因进行了详细的功能注释。

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成功案例

1、细菌基因组完成图为什么要测二代数据?

答:细菌基因组会有100x的二代测序,其一,二代数据组装检测细菌样品是否有杂菌污染,其二,二代数据用于三代数据纠错。从而得到完整准确的细菌基因组。

2、细菌基因组完成图是否可以组装出质粒?

答:细菌细胞内一般会纯在部分质粒,细菌基因组完成图可以组装出部分质粒信息,但是由于建库的长度以及质粒的数量限制,不保证完全组装出所有质粒。

3、细菌基因组测序中比较基因组分析是什么?

答:细菌基因组比较基因组分析,主要是分析有亲缘关系的细菌基因之间的差别,通过比较基因组分析亲缘远近关系,特有和共有基因以及共线性分析等,找到差异基因,对差异基因进行功能注释,解析近缘关系细菌间生理或形态差别的原因。

产品优势与项目经验

项目10000+

项目经验丰富,完成微生物基因组项目10000+

双平台

ONT、Pacbio双平台,提供多种测序方案

售后服务

专业的售后服务体系,完善的微生物数据挖掘培训班,省时、省心、省力

高水平分析团队

丰富的项目经验

全面的分析内容

专业的售后服务

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